La Dimayor confirmó las fechas de los partidos y el orden que tendrá la fase de grupos de la Copa Águila en el año 2016, teniendo en cuenta que habrá 4 equipo sembrados en la segunda fase por su participación en Copa Libertadores (Nacional, Cali y Santa Fe) y por ser el actual campeón de la competencia (Junior).
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De la siguiente forma se disputarán las 8 zonas compuestas por 4 equipos que disputarán cuadrangulares a ida y vuelta para definir los clasificados, que serán los primeros de cada grupo y los 4 mejores segundos.
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Este torneo dura todo el año y al campeón le entrega un cupo para la Copa Sudamericana del siguiente año (En esta oportunidad le da al ganador la posibilidad de disputar la competencia subcontinental del 2017).
